新生儿支原体肺炎的特点是喘息和呼吸困难，用听诊器听诊时可听到浊音。镰状细胞贫血患儿的症状通常会因呼吸困难、胸痛和胸腔积液而加重。

支原体肺炎可能伴有多系统和多器官损害。呼吸道外病变可累及皮肤和黏膜，表现为麻疹样或猩红热样皮疹等；偶见非特异性肌痛和游走性关节痛；胃肠道系统可见呕吐、腹泻和肝功能损害；血液系统多见溶血性贫血；多发性神经元炎、脑膜脑炎和小脑损害等；心血管系统病变偶见心肌炎和心包炎。疾病的严重程度取决于病情的严重程度。